บริเวณเขตคลองสามวาในปัจจุบันเดิมอยู่ในเขตการปกครองของ อำเภอคลองสามวา ซึ่งเป็นอำเภอหนึ่งที่ขึ้นกับมณฑลกรุงเทพ ต่อมาในปี พ.ศ. 2445 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้ยกท้องที่บริเวณทุ่งแสนแสบทางทิศตะวันออกของพระนครขึ้นเป็นเมืองและพระราชทานนามว่า "เมืองมีนบุรี" อำเภอคลองสามวาจึงเปลี่ยนชื่อเป็น อำเภอเมือง[3] เนื่องจากเป็นอำเภอที่ตั้งของเมือง (จังหวัด) ใหม่แห่งนี้ จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2474 ประเทศไทยประสบปัญหาเศรษฐกิจตกต่ำ เพื่อเป็นการลดค่าใช้จ่าย ทางการจึงได้ยุบจังหวัดมีนบุรีเข้ากับจังหวัดพระนคร อำเภอเมืองถูกเปลี่ยนชื่อเป็น อำเภอมีนบุรี

ในปี พ.ศ. 2505 กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศตั้งตำบลทรายกองดินใต้โดยแบ่งพื้นที่จากตำบลทรายกองดิน โดยในปีถัดมาก็ได้ขยายเขตสุขาภิบาลมีนบุรีให้ครอบคลุมทั้งอำเภอด้วย ต่อมาในปี พ.ศ. 2515 มีการปรับปรุงการบริหารราชการเมืองหลวงใหม่ อำเภอมีนบุรีจึงได้รับการเปลี่ยนแปลงฐานะเป็น เขตมีนบุรี ขึ้นกับกรุงเทพมหานคร แบ่งพื้นที่ออกเป็น 7 แขวง

ต่อมาเขตมีนบุรีมีประชากรหนาแน่นและมีความเจริญเพิ่มขึ้น ในวันที่ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2540 กระทรวงมหาดไทยจึงได้ประกาศแยกพื้นที่ 5 แขวงทางด้านเหนือของเขตมีนบุรีมาจัดตั้งเป็นเขตใหม่เพื่อประโยชน์แก่การปกครอง การให้บริการของรัฐ และความสะดวกของประชาชน และได้ใช้ชื่อเขตใหม่นี้ว่า เขตคลองสามวา เพื่อคงชื่อในประวัติศาสตร์ไว้ โดยสำนักงานเขตคลองสามวาได้เปิดให้บริการตั้งแต่วันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2540 พร้อมกับสำนักงานเขตแยกใหม่ทางฝั่งพระนครอีก 5 แห่ง ได้แก่ เขตหลักสี่ เขตสายไหม เขตคันนายาว เขตสะพานสูง และเขตวังทองหลาง

ที่ตั้งและอาณาเขต

ตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยา (ฝั่งพระนคร) มีอาณาเขตติดต่อกับเขตต่าง ๆ เรียงตามเข็มนาฬิกา ดังนี้

ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอลำลูกกา (จังหวัดปทุมธานี) มีแนวคันนาแบ่งเขตการปกครองระหว่างกรุงเทพมหานครกับจังหวัดปทุมธานีเป็นเส้นแบ่งเขต
ทิศตะวันออก ติดต่อกับเขตหนองจอก มีคลองเก้า คลองแบนชะโด และคลองลัดตาเตี้ยเป็นเส้นแบ่งเขต
ทิศใต้ ติดต่อกับเขตมีนบุรี มีคลองแสนแสบ คลองลำบึงไผ่ ซอยนิมิตใหม่ 8 (วีแสงชัย) ถนนนิมิตใหม่ ซอยนิมิตใหม่ 5 (เหมือนสวาท) คลองสามวา ลำรางสามวา คลองเจ๊ก ลำรางโต๊ะสุข ถนนหทัยราษฎร์ ซอยหทัยราษฎร์ 29 (โชคอนันต์) ลำรางคูคต และคลองพระยาสุเรนทร์ 1 (กีบหมู) เป็นเส้นแบ่งเขต
ทิศตะวันตก ติดต่อกับเขตคันนายาว เขตบางเขน และเขตสายไหม มีคลองบางชัน คลองคู้บอน คลองคู้ชุมเห็ด และคลองพระยาสุเรนทร์ (หนองใหญ่) เป็นเส้นแบ่งเขต