ท้องที่อำเภอปากเกร็ดในครั้งแรกเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอ (หรือแขวง) ที่มีอยู่ก่อนสองอำเภอ คือ "อำเภอตลาดขวัญ" และ "อำเภอบ้านแหลมใหญ่และเกาะศาลากุน" ต่อมาจึงได้แยกพื้นที่บางส่วนจากอำเภอทั้งสองมารวมกันแล้วจัดตั้งเป็น อำเภอปากเกร็ด โดยมีพระรามัญนนทเขตต์คดี (เนียม นนทนาคร) เป็นนายอำเภอคนแรก และตั้งที่ว่าการอำเภออยู่ในที่ธรณีสงฆ์วัดสนามเหนือ ต่อมาจึงย้ายไปตั้งที่หมู่ที่ 2 ตำบลปากเกร็ด ในสมัยที่หลวงรามัญนนทเขตต์คดี (เจ็ก นนทนาคร) บุตรชายของพระรามัญนนทเขตต์คดี (เนียม นนทนาคร) ขึ้นเป็นนายอำเภอ

เมื่อ พ.ศ. 2463 กระทรวงนครบาลได้โอนตำบลอ้อมเกร็ด (เปลี่ยนชื่อมาจากตำบลบางบัวทอง) และตำบลบางพลับจากอำเภอบางบัวทอง กับโอนตำบลท่าอิฐจากอำเภอเมืองนนทบุรีมาขึ้นกับอำเภอปากเกร็ด เพื่อความเหมาะสมด้านการปกครอง ณ พ.ศ. 2470 อำเภอปากเกร็ดจึงมีท้องที่การปกครองรวม 13 ตำบล ได้แก่ ตำบลบ้านปากเกร็ด ตำบลบางพูด ตำบลบ้านใหม่ตลาดเนื้อ ตำบลสีกัน ตำบลสองห้อง (ทุ่งสองห้อง) ตำบลบางตลาดฝั่งเหนือ (บางตลาด) ตำบลเกาะเกร็ด ตำบลท่าอิฐ ตำบลอ้อมเกร็ด ตำบลบางพลับ ตำบลบ้านแหลมใหญ่ (คลองพระอุดม) ตำบลบางตะไนย์ และตำบลคลองข่อย

เดิมอำเภอปากเกร็ดมีอาณาเขตทางด้านตะวันออกติดต่อกับอำเภอบางเขน จังหวัดพระนครโดยใช้คลองเปรมประชากรตั้งแต่คลองบางตลาดขึ้นไปจนถึงคลองบ้านใหม่ตลาดเนื้อเป็นเส้นแบ่งเขตเป็นเส้นแบ่งเขต  จนกระทั่งใน พ.ศ. 2475 ทางราชการได้โอนตำบลทุ่งสองห้องไปอยู่ในท้องที่ปกครองของอำเภอบางเขน เพื่อเพิ่มความสะดวกในการตรวจตราของเจ้าหน้าที่และความสะดวกในการติดต่อราชการของประชาชน และใน พ.ศ. 2480 ได้โอนตำบลสีกัน และหมู่ที่ 1 (ในขณะนั้น) ของตำบลบ้านใหม่ เฉพาะส่วนที่อยู่ทางฟากตะวันออกของคลองประปา ไปขึ้นกับอำเภอบางเขน กับโอนพื้นที่หมู่ที่ 6 (ในขณะนั้น) ของตำบลบางตลาด เฉพาะส่วนที่อยู่ในเขตหวงห้ามของคลองประปาฝั่งตะวันตก ไปขึ้นกับตำบลทุ่งสองห้อง (ซึ่งได้ย้ายไปขึ้นกับอำเภอบางเขนอยู่ก่อนแล้ว) โดยใช้แนวเขตหวงห้ามของคลองประปาฝั่งตะวันตกเป็นเส้นเขต

จนกระทั่งใน พ.ศ. 2486 จังหวัดนนทบุรีถูกยุบลงเนื่องจากขณะนั้นเกิดปัญหาสภาวะเศรษฐกิจตกต่ำ อำเภอปากเกร็ดย้ายไปขึ้นกับจังหวัดพระนคร จนกระทั่งใน พ.ศ. 2489 ได้มีการจัดตั้งจังหวัดนนทบุรีขึ้นมาอีกครั้ง  อำเภอปากเกร็ดจึงกลับมาอยู่ในการปกครองของทางจังหวัดนับแต่นั้น

ตลอดเวลาที่ผ่านมา มีการปรับปรุงเขตการปกครองระดับตำบลภายในท้องที่อำเภอปากเกร็ดอยู่เนือง ๆ เช่น ยุบตำบลบ้านใหม่ตลาดเนื้อรวมเข้ากับตำบลบางพูด ยุบตำบลบางพลับรวมเข้ากับตำบลอ้อมเกร็ด เป็นต้น จนกระทั่งในวันที่ 8 พฤษภาคม พ.ศ. 2490 กระทรวงมหาดไทยได้เปลี่ยนแปลงเขตตำบลเดิมและตั้งตำบลใหม่อีกครั้ง โดยแยกพื้นที่บางส่วนจากตำบลปากเกร็ดตั้งเป็นตำบลบางตลาด แยกพื้นที่บางส่วนจากตำบลบางพูดตั้งเป็นตำบลบ้านใหม่ รวมพื้นที่บางส่วนจากตำบลบางตะไนย์และอ้อมเกร็ดตั้งเป็นตำบลคลองพระอุดม และแยกพื้นที่บางส่วนจากตำบลอ้อมเกร็ดตั้งเป็นตำบลบางพลับ มีผลตั้งแต่วันที่ 1 มิถุนายน ปีเดียวกัน

ต่อมาอำเภอปากเกร็ดได้มีการย้ายที่ว่าการอำเภอมาตั้งริมถนนแจ้งวัฒนะ หมู่ที่ 5 ตำบลปากเกร็ด เมื่อ พ.ศ. 2505 เพื่อให้ประชาชนมาติดต่อราชการได้สะดวกยิ่งขึ้น และในวันที่ 10 มกราคม พ.ศ. 2532 กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศแยกพื้นที่ทางทิศตะวันออกของตำบลปากเกร็ดตั้งเป็นตำบลคลองเกลือ โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 16 มกราคม ปีเดียวกัน ท้องที่อำเภอปากเกร็ดจึงประกอบด้วย 12 ตำบลจนถึงปัจจุบัน

ที่ตั้งและอาณาเขต

อำเภอปากเกร็ดตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของจังหวัด และอยู่ห่างจากตัวจังหวัดไปทางทิศเหนือ 7.45 กิโลเมตร  มีพื้นที่การปกครองทั้งสองฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยา โดยมีอาณาเขตติดต่อดังนี้

• ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอลาดหลุมแก้วและอำเภอเมืองปทุมธานี (จังหวัดปทุมธานี) มีคลองสามวา คลองเจ๊ก คลองตรง (คลองขุด) คลองพระอุดม แนวระวางโฉนดที่ดินระหว่างจังหวัดนนทบุรีกับจังหวัดปทุมธานี แนวรั้วหมู่บ้านพฤกษ์ภิรมย์ ราชพฤกษ์-345 คลองบางตะไนย์ แนวกึ่งกลางแม่น้ำเจ้าพระยา และคลองบ้านใหม่เป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับเขตดอนเมืองและเขตหลักสี่ (กรุงเทพมหานคร) มีคลองประปาเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศใต้ ติดต่อกับอำเภอเมืองนนทบุรี มีคลองบางตลาด แนวกึ่งกลางแม่น้ำเจ้าพระยา และคลองวัดแดงเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับอำเภอเมืองนนทบุรีและอำเภอบางบัวทอง มีคลองแม่ร่องกร่าง คลองบางบัวทอง คลองขุนมหาดไทย (ท่าลาย) แนวกำแพงหมู่บ้านดิเอมเมอรัลด์การ์เด้นบางบัวทอง แนวกำแพงหมู่บ้านดิเอมเมอรัลด์พาร์ค 3 แนวกำแพงหมู่บ้านลภาวัน 10 คลองชลประทานพระอุดม-บางบัวทอง (คลองแอน) แนวระวางโฉนดที่ดินระหว่างอำเภอปากเกร็ดกับอำเภอบางบัวทอง คลองลำโพ และคลองลากค้อนเป็นเส้นแบ่งเขต