ในต้นรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พื้นที่ตอนในระหว่างแม่น้ำเจ้าพระยากับแม่น้ำท่าจีนทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือของพระนครยังคงเป็นป่าขนาดใหญ่ มีอาณาบริเวณครอบคลุมรอยต่อระหว่างอำเภอไทรน้อยของจังหวัดนนทบุรี อำเภอลาดหลุมแก้วของจังหวัดปทุมธานี อำเภอลาดบัวหลวงของจังหวัดพระนครศรีอยุธยา และอำเภอบางเลนของจังหวัดนครปฐมในปัจจุบัน สภาพพื้นที่ของป่าเป็นที่ราบลุ่ม บางแห่งเป็นหนองน้ำ และมีสัตว์ป่า เช่น ช้าง เสือ กวาง อาศัยอยู่เป็นจำนวนมาก ไม้ยืนต้นขนาดใหญ่ที่ขึ้นปกคลุมพื้นที่แห่งนี้นอกจากจะมีต้นไทร ต้นยาง และต้นประดู่แล้ว ยังมีต้นกระทุ่มที่ขึ้นกันแน่นทึบจนแสงสว่างลอดผ่านลงพื้นดินได้น้อย ผืนป่าแห่งนี้จึงเป็นที่รู้จักกันในชื่อ ป่ากระทุ่มมืด

หลังจากที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้ขุดคลองทวีวัฒนาและคลองนราภิรมย์ระหว่าง พ.ศ. 2420–2423 จึงเริ่มมีชาวเมืองนนทบุรีและชาวบ้านจากถิ่นอื่นเข้าไปจับจองที่ดินชายป่ากระทุ่มมืดด้านใต้ตามสองฝั่งคลองนั้น จากนั้นพระราชาภิมณฑ์ (เพ็ง) ได้ขุดคลองพระราชาภิมณฑ์ (ปัจจุบันเรียกว่าคลองพระพิมล) จากคลองบางบัวทองตอนปลายตรงเข้าไปในป่ากระทุ่มมืด ซึ่งเป็นช่วงเวลาระหว่าง พ.ศ. 2433–2442 ระหว่างนั้นยังคงมีราษฎรเข้าไปตั้งหลักแหล่งและบุกเบิกแผ้วถางป่าอย่างไม่ขาดสาย ป่ากระทุ่มมืดที่กว้างใหญ่ค่อย ๆ เปลี่ยนสภาพเป็นผืนนาและเกิดชุมชนชาวนากระจายอยู่ทั่วไป นอกจากนี้ยังมีผลให้อาณาเขตของเมืองนนทบุรีขยายลึกเข้าไปในแขวงเมืองประทุมธานี เมืองนครปฐม และกรุงเก่าเดิมอีกด้วย

เมื่อมีการปฏิรูปการปกครองหัวเมืองต่าง ๆ ให้เป็นระบบมณฑลเทศาภิบาล แนวป่าและทุ่งกระทุ่มมืดในแขวงเมืองนนทบุรีได้กลายเป็นท้องที่หนึ่งของ "อำเภอบ้านแหลมใหญ่และเกาะศาลากุน" ไม่นานนักอำเภอดังกล่าวก็ถูกยุบเลิกไปเมื่อมีการจัดตั้งอำเภอบางบัวทองและอำเภอปากเกร็ดขึ้นแทนที่เมื่อราว พ.ศ. 2443–2444 นับแต่นั้นชุมชนต่าง ๆ ในหนองเพรางายและทุ่งกระทุ่มมืดซึ่งได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นตำบลหนองเพรางาย ตำบลไทรใหญ่ และตำบลหนองไทร (ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นไทรน้อยเพื่อให้สอดคล้องกับชื่อวัดไทรใหญ่และตำบลไทรใหญ่)  ก็ขึ้นอยู่กับอำเภอบางบัวทองเรื่อยมา เมื่อถึง พ.ศ. 2483 ทางราชการได้แบ่งพื้นที่การปกครองหมู่ที่ 1–6, 11–13, 18 ของตำบลไทรใหญ่ รวมกับหมู่ที่ 6–8 ตำบลละหาร จัดตั้งเป็นตำบลราษฎร์นิยม

ครั้นในปี พ.ศ. 2486 ประเทศไทยประสบปัญหาเศรษฐกิจตกต่ำอย่างหนักเพราะได้รับผลกระทบจากสงครามโลกครั้งที่ 2 สภาผู้แทนราษฎรในสมัยนั้นมีมติให้ออกพระราชบัญญัติยุบจังหวัดนนทบุรีลงเพื่อเป็นการประหยัดงบประมาณราชการ ทำให้ท้องที่อำเภอบางบัวทองซึ่งครอบคลุมถึงบริเวณทุ่งกระทุ่มมืดไทรน้อยถูกโอนไปขึ้นกับจังหวัดธนบุรี จนกระทั่งใน พ.ศ. 2489 ได้มีพระราชบัญญัติจัดตั้งจังหวัดนนทบุรีขึ้นมาอีกครั้ง   บริเวณทุ่งกระทุ่มมืดไทรน้อยจึงกลับมาอยู่ในการปกครองของทางจังหวัดนนทบุรีจนถึงทุกวันนี้

ต่อมาทางราชการพิจารณาเห็นว่าอำเภอบางบัวทองมีพื้นที่กว้างขวางและมีจำนวนราษฎรเพิ่มขึ้น หน่วยงานราชการดูแลทุกข์สุขได้ไม่ทั่วถึง ประกอบกับคลองพระพิมลซึ่งเป็นเส้นทางคมนาคมหลักในสมัยนั้นยังเป็นคลองขนาดเล็ก ในฤดูแล้งน้ำจะแห้งขอดคลอง ราษฎรเดินทางมาติดต่อราชการไม่สะดวกโดยเฉพาะราษฎรจากท้องที่ตำบลไทรน้อย ตำบลไทรใหญ่ ตำบลราษฎร์นิยม และตำบลหนองเพรางายที่ตั้งอยู่ไกลจากตัวอำเภอมากที่สุด กระทรวงมหาดไทยจึงแบ่งท้องที่ตำบลทั้งสี่ออกมาจัดตั้งเป็น กิ่งอำเภอไทรน้อย โดยมีผลตั้งแต่วันที่ 9 ธันวาคม พ.ศ. 2490 เมื่อกิ่งอำเภอไทรน้อยมีประชากรหนาแน่นและมีความเจริญเพิ่มมากขึ้นจนมีสภาพเหมาะสมที่จะยกฐานะเป็นอำเภอได้ ในวันที่ 6 มิถุนายน พ.ศ. 2499 จึงมีพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งกิ่งอำเภอไทรน้อยเป็น อำเภอไทรน้อย

จากนั้นใน พ.ศ. 2502 ทางอำเภอได้รับโอนเอาตำบลขุนศรีจากอำเภอบางเลน จังหวัดนครปฐม มาอยู่ในเขตการปกครองด้วย เพื่อความสะดวกในการติดต่อราชการของประชาชนและเพื่อประโยชน์ต่อการปกครอง และต่อมาใน พ.ศ. 2522 จังหวัดนนทบุรีได้แบ่งพื้นที่ทางทิศใต้ของตำบลราษฎร์นิยมจัดตั้งเป็นตำบลคลองขวาง และใน พ.ศ. 2523 ก็แบ่งพื้นที่ทางทิศใต้ของตำบลไทรน้อยจัดตั้งเป็นตำบลทวีวัฒนา ทำให้อำเภอไทรน้อยมีเขตการปกครองย่อยรวม 7 ตำบลมาจนถึงปัจจุบัน

ที่ตั้งและอาณาเขต

อำเภอไทรน้อยตั้งอยู่ทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือของจังหวัด โดยอยู่ห่างจากตัวจังหวัดเป็นระยะทาง 29.01 กิโลเมตร และมีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียงดังนี้

• ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอลาดบัวหลวง (จังหวัดพระนครศรีอยุธยา)
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับอำเภอลาดหลุมแก้ว (จังหวัดปทุมธานี) และอำเภอบางบัวทอง มีคลองลากค้อน คลองลัดยายเป้า คลองตาคล้าย คลองลากค้อน คลองพระพิมล และคลองตาชมเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศใต้ ติดต่อกับอำเภอบางใหญ่
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับอำเภอพุทธมณฑลและอำเภอบางเลน (จังหวัดนครปฐม) มีคลองนราภิรมย์ คลองทวีวัฒนา คลองสิบศอก คลองสถาพรพัฒนา คลองพระพิมล คลองรางกระทุ่ม คลองสองด้วน คลองบางภาษี และคลองสองเป็นเส้นแบ่งเขต